液体菌种替代固体菌种的趋势已经被大家认可了，现在越来越多的工厂开始使用液体菌种进行生产，虽然液体菌种各项生产指标都优于固体菌种，但是液体菌种的风险性却逐渐被人们所忽视。液体菌种接种前一定要经过严格的检测才能够使用，但是更重要的是一旦发酵罐出现染菌，一定要尽快分析出染菌的原因，并加以解决。要分析染菌的原因得从每一个环节出现染菌的表现说起，反过来，当出现染菌，我们就能找到是哪个环节出现问题了。 
1、灭菌 
发酵罐灭菌不彻底引起的染菌会在里2-3天内表现出来，表现是培养液逐渐变得浑浊，菌球形成和生长变慢，不同细菌从排气味道上表现的程度有所不同，必须要注意的是如果培养的是低温品种，如金针菇，有表现的时间会延后，甚至到接种前从宏观上也没有明显的表现，只有通过检测才能确定已经感染细菌了。引起发酵罐灭菌不彻底的原因主要在灭菌锅（韩式发酵罐），单体罐只要在灭菌过程的操作上。 
解决办法：韩式发酵罐，检查灭菌锅程序、管路、电磁阀（气动阀）、温度传感器、压力传感器等。单体发酵罐，检查冷空气是否排净、管路灭菌是否达标等。经过排查还不能解决，就需要适当增加灭菌时间或者灭菌温度。 
2、冷却 
冷却过程引起染菌主要是因为冷却过程到压力“0”以前没有及时给发酵罐进气，造成负压，虽然管路都安装有单向阀，但是要知道单向阀不是绝对的，而且单向阀使用时间久了出现故障的可能性很高。一般因为冷却引起的染菌几率不高，染菌表现出来的时间比灭菌不彻底引起的染菌要晚一些。 
解决办法：发酵罐冷却时安排专人负责，避免出现负压的情况，加强发酵罐管件的日常检查维护。 
3、接种 
发酵罐接种的过程是罐体开放与外界连通的过程，是最危险的环节，接种引起的染菌表现严重时会很快，在1-2天就有可能表现出来，主要是人员操作不当所引起，食用菌层流罩净化效果下降也会引起染菌。 
解决办法：加强接种人员的操作技能，要制定出操作规程；定期检查接种层流罩的净化效果，必要时每天对层流罩进行平板沉降检测。 
4、气源 
气源引起发酵罐染菌表现出来的时期不确定，没有规律，同时气源带菌的轻重对染菌表现也有轻重之分。特别是气源进水引起的影响最大，气源引起染菌有一个最大特点是不同天数的发酵罐同时表现染菌。 
解决办法：每天或者定期对无菌空气质量进行检测，加强无菌空气系统设备的巡检工作。气源长时间中断也会对液体菌种生长造成影响，但一般不会引起染菌。 
5、三角瓶菌种 
三角瓶菌种不纯会直接导致发酵罐染菌，表现的时期也很早，最快第一天就会出现剧烈的表现，这种情况出现的几率不是很大，但是也要对三角瓶菌种的纯度给予足够的重视，一个合格的液体菌种技术员不单是发酵罐做的好，制作试管母种和三角瓶的水平也很重要。 
解决办法：重视和加强试管母种、三角瓶菌种制作水平，做好标准，并且要执行，如果对三角瓶菌种没有把握，可以将接种后的三角瓶进行空培养。